中国水科院拥有一支院士、领军人才、学科带头人和学术骨干组成的创新型科技人才队伍以及一批高水平团队，现有在职职工1347人。硕士以上学历919人，其中博士523人；副高级以上职称867人，其中教授级高工386人。 共有12位院士曾在我院学习工作过，现有中国科学院院士1人、中国工程院院士4人。5位专家出任国际组织主席、1位专家担任副主席。百千万人才工程国家级人选8人、国家“万人计划”专家7人、重点领域创新团队首席专家1人、国家有突出贡献中青年专家6人、国家杰出青年科学基金3人、国家优秀青年科学基金3人、中国青年科技奖4人、全国优秀科技工作者5人等。