中国水利水电科学研究院“水利遗产保护与研究国家文物局重点科研基地”，是水利系统首个由国家文物局认定的重点科研基地，是水利领域和文物部门合作开展水利遗产保护与研究的重要平台，于2016年12月正式公布。

国家文物局重点科研基地是国家文物局组织历史文化遗产保护领域高水平基础研究、应用技术研究、管理科学研究，聚集和培养优秀科学家，开展学术交流的重要阵地，每4年申报一次，此前已有23家单位入选。中国水利水电科学研究院“水利遗产保护与研究国家文物局重点科研基地”属第六批认定的重点科研基地。

近年来，围绕水利遗产的调查与评估、水利遗产保护关键技术研究、水利遗产修复与展示、水利遗产考古等内容，在水利部的大力支持下，中国水利水电科学研究院水利史研究所、岩土所、结构所和中水科等单位开展了大量工作，并取得丰硕的成果，得到国家文物局等有关部门的认可并在大运河等相关遗产保护、利用与申遗工作中得到应用，这些工作和成果成为基地建设和发展的基础。

中国水利水电科学研究院作为水利遗产保护与研究重点科研基地的依托单位，将依据《国家文物局重点科研基地管理办法》的有关要求,从水利遗产保护与研究的实际工作出发，充分考虑水利遗产保护与研究跨部门、跨领域、跨学科的特点，积极发挥科研基地的纽带作用，凝聚文保、水利和其他相关领域的单位和专家学者，系统开展我国水利遗产的保护与研究工作，创建合作交流的新模式，力争将科研基地建设成为我国多学科融合、多部门合作的水利遗产保护与研究典范。