中国水科院与国外40余家涉水科研院所、高等院校、公司企业签署了合作协议或谅解备忘录，建立了密切合作关系与固定交流机制，并在合作框架协议下，在高层互访、人员交流、项目合作、学生培养等多方面、多层次取得了丰硕的合作成果，不断扩大了中国水科院国际合作的网络关系与合作伙伴。

2008年中国水科院与韩国建设技术研究院合作续签协议

2011年与德国弗劳恩霍夫应用研究院签署合作备忘录

2014年与国际水电协会续签合作协议