水库大坝以蓄水灌溉、防洪、发电等综合效益普施恩泽，给人类带来诸多实际利益,但水库大坝也会对移民、河道、水质、水生生物、河岸等产生根本性的影响，大坝溃决甚至会发生严重的次生灾害。水库大坝的生态问题在不少情况下是挑战性问题，时时考验“在开发中保护，在保护中开发”的实践成果。
“研究大坝与生态的关系问题，认识人与自然的关系是前提”，水利部原部长汪恕诚曾把人与自然关系的发展概述为依存、开发、掠夺、和谐四个阶段，从“天人合一”依存于自然的原始社会，到掠夺阶段的“人定胜天”，再到我们目前追求的“人天和谐”、“人水和谐”的可持续发展时期。
兴利避害，开发水资源和水电资源，世界各国政府都明确支持，但由于各国所处发展阶段不同，支持的程度和工作重点各不相同。如大多数西方发达国家依靠资金、技术等优势，已完成了水资源和水电的开发，目前的重点是对已建工程进行更新改造，强化生态保护和修复，提高标准和质量，而大多数发展中国家仍有繁重的开发任务，在未来的10年和20年内，还需开发与保护并重。20世纪末出现的围绕大坝的争论和质疑，有复杂的背景，既有基于原有实践的科学反思，也有各种利益诉求。面对气候变化等严峻挑战，世界上165个国家已明确将继续推进大坝建设并发展水电，生态问题有无良方可用将是共同面对的重大问题，同时也是对发展中国家能否利用后发优势、走出一条比发达国家更好的发展之路的考验。
水库大坝对生态环境的调节
筑造水库大坝来自于保护家园的愿望，从中国的都江堰引水灌溉到古罗马的城市供水系统，控制洪水和利用水资源已经成为了人类文明的一部分。随着人口的增加，城市的扩大和工业的快速发展，人类的生产生活已经离不开水库大坝。毋庸置疑，任何一座水坝都会对自然环境产生一定的影响，如何兴利避害，如何将不利因素降至最低、最小，既是水利人的任务，同时也是全社会的目标。
在我国，二滩水电站的建设施工就是这样做的。科学家们对当地的环境做了详细的环境影响评估，先后出了《雅砻江二滩水电站环境保护先期实施计划报告》和《四川省雅砻江二滩水电站环境保护设计报告》等，国家环保总局、世界银行等各有关部门组织评估，业主单位吸纳各方建议，积极实践，取得了良好的成效。根据攀枝花市气象局2004年对二滩水电站蓄水前后气象要素变化的观测分析，二滩水电站蓄水后，无论是旱季(11～4月)还是雨季(5～10月)，降雨量均呈增加趋势；相对湿度与降雨量的变化趋势基本一致；蓄水后，风日数略有减少，雾日数、露日数均有所增加。
2006年，二滩水电站荣获“国家环境友好工程”称号。实践证明，只要工作到位，水电工程对环境是可以做到友好的。在中国如此，在其他国家也不例外。
