东、中线一期调水工程实施以后，可以有效缓解受水区的地下水超采局面，同时还可以增加生态和农业供水60亿立方米左右，使北方地区水生态恶化的趋势初步得到遏制（包括恢复部分湿地和地表植被，遏制水土流失，降低大气降尘量，减少北方沙尘暴的发生）。在全球气候变暖、极端气候增多条件下，增加国家抗风险能力，为经济社会可持续发展提供保障，增加地下水资源的战略储备，为子孙后代留下宝贵的发展空间。

        水污染的防治和水质保障，关系到南水北调工程的成败。本着“先节水后调水，先治污后通水，先环保后用水”的“三先三后”原则，南水北调工程将水源及沿线水污染防治和生态建设工作，提高到了一个新水平。

        东线工程和中线工程路径不同、情况不同，治污的侧重点和思路也有各自的特点。

东线治污

        东线工程全长1467公里，通过京杭运河输水并利用沿线湖泊调蓄，但由于历史原因，这些河道和湖泊的水污染已经相当严重。这些污水的来源非常复杂，既有工业废水，也有城镇生活污水。传统做法偏重“头痛医头、脚痛医脚”，单纯依靠兴建治污工程来解决污水治理和排放问题，着眼点和治理效果都比较局限。

        而东线工程引入了“工程措施与生态建设相结合的综合治理”的新思路，明确提出了人与自然和谐发展的绿色理念，治污、节水的同时还促进了经济的转型，取得了令人眼前一亮的成绩。

        东线治污历时10年，成就显著。从指标上看，作为主要污染物的化学需氧量和氨氮排放总量均削减了80%以上；输水干线水质，也基本达到了设计的III类标准。

        比数字更有说服力的，是随处可见的新变化。曾经绝迹的鱼类、特别是对环境高度敏感的小银鱼，现在又重现于河湖中；湖边的野生植物生机勃勃，珍稀鸟类更是日渐增多，湖区的生机活力正在逐渐恢复。

中线水源保护

        要调干净的水、要保证一路上水不能脏，这就是中线水源保护所面对的两大难题。

        首先，是要调干净的水。丹江口库区及上游为水源区，面积9.5万平方公里，人口1678万，涉及河南、湖北和陕西等省40多个县（市、区）。为了保护这盆清水，国家连续批准了该地区污染治理和水土保持、经济社会发展的十一五和十二五规划，将中线水源保护上升为国家意志，力图从根本上解决这一地区植被破坏、水土流失、城市生活和工业污水排放乃至重金属尾矿库威胁水质的问题。

        随着规划的不断落实，目前已形成年处理污水3亿吨、垃圾130万吨的能力，治理水土流失面积也达到了1.44万平方公里。目前，在丹江口库区及上游地区，有效治理了水污染和水土流失，初步修复了生态环境，水源区化学需氧量（COD）排放减少了约10％，氨氮排放减少了约11％。根据规划，在2014年中线通水前，丹江口水库的水质要达到II类，2015年末直接汇入水库的主要支流，其水质不能低于III类。

        其次，要保证一路上水不能脏。从陶岔渠首到北京、天津、河北、河南，大部分是明渠输水，要翻山越岭、穿城过市，在某些明渠段还有地下水的直接内排，水污染的风险较大。为此，专门划定了一级和二级水源保护区，将来还要进一步进行生态建设。中线尽管没有东线那么多湖泊水网，但沿输水管线两岸会形成一条绿色生态走廊，增加许多风景。