有水就可以行船，水运的成本较为低廉，南水北调工程贯通和疏浚了多个水系，建成新的水网，使得航运更为方便。整个工程中，航有水就可以行船，水运的成本较为低廉，南水北调工程贯通和疏浚了多个水系，建成新的水网，使得航运更为方便。整个工程中，航运效益体现最大的是京杭大运河和汉江。

        与很多人的印象不同，今天的京杭运河其实并不是全线贯通的，很多河段早就荒废了，有些只是地图上的一段段虚线而已。新中国成立后，治理淮河、太湖的水利建设和航道建设，使京杭运河得以恢复和发展。南水北调工程的实施，又将使其通航里程和通航标准上一个新台阶。京杭运河的通航里程达到1442公里，其中全年通航里程为877公里，主要分布在黄河以南的山东、江苏和浙江3省。千年古运河由此重新焕发了青春，成为中国仅次于长江的第二条“黄金水道”。

        例如京杭运河济宁段西线航道（山东济宁-江苏徐州），全长约130多公里。整修后，主航道将由VI级标准提高到III级标准，底宽由目前的16米拓宽到50米，水深达到3米，航运保证率也将大大提高。1000吨级船舶可由长江直达济宁，年通过能力将达到2500万吨，新增港口吞吐能力1350万吨，换算下来，新增加的运力抵得上新建一条“京沪铁路”。

 汉江

        中线工程最大的航运效益体现在汉江。

        在南水北调工程实施以前，汉江的航运已经面临许多挑战。

        中线工程从丹江口水库调水后，汉江中下游将受到较大影响。由于水量减少，河道冲淤不如以前；水位降低，一些抽水站和灌溉引水的口门需要改建，汉江航道变得不稳定、航深减小，浅滩的出现使碍航程度增大。

        引江济汉工程地处江汉平原腹地，该地区是湖北省的水网地区，共有135条通航河流，通航里程达5500.7公里。引江济汉通航工程实施后，将成为长江中游和汉江中游间的连接运河，使长江、汉江中游的水运距离比绕道武汉缩短600余公里，大大地缩短长江与汉江水路直达运输里程，是一条理想的水运捷径。目前建设的航道等级为Ⅳ级，规划未来升级为Ⅲ级航道。它东可通长江中下游省份；向西可至川、贵；北连汉江，通豫、陕；向南可达湖南与湘、资、沅、澧四水相连，在湘桂运河开辟后，还可经湘、桂抵两广。引江济汉工程的通航，将有利于大西南与汉水流域的物资交流，加强洞庭湖流域、陕南地区与汉江中、上游的联系，是对西部大开发的有力支援。

        引江济汉通航工程打造出的运河腹地及周边地区的公路和铁路运输比较发达。多层次的公路网络将承担区域内较大部分的客货运量，穿过这一区域内的焦柳铁路在长途客货运输量中也将承担较大的份额。航运由于其运量大、成本低、能耗少的特点，对运量大、价值低、运距长的煤炭、矿建材料及化工等物资的运输具有很大的优势。腹地内运输物资宜水则水、宜路则路，形成腹地内完备的运输体系，将使这一地区内的交通综合运输网的结构更趋合理。可促进腹地农村城镇的建设与发展，拉动腹地经济，对腹地的经济社会发展具有十分重要的意义。

        汉江中下游的四项补偿工程完成后，可基本消除调水对汉江中下游的不利影响，并对沿岸农业灌溉和航运业产生有利影响。汉江的航运能力将得到显著增强、甚至超过历史最好时期，航运保障率也将大大提高。建国后一直筹备复建的“两沙（沙洋到沙市）运河”这另一条“黄金水道”，也将藉此得以实现并发挥出重大航运效益。