防洪减灾研究所下设五室和一部，分别是洪水管理与减灾政策研究室、防洪决策支持技术研究室、防洪减灾工程技术研究室、信息与灾害风险技术研究室、旱灾及对策研究室、防灾技术交流与培训部。
 全所固定岗位37人，并有9个流动岗位。固定岗位中教授级高工9人，高级工程师10人，工程师12人，助理工程师6人。具有博士学位的15人，硕士学位的19人。
防洪减灾研究所自2001年成立以来，本着“敬业、求实、创新、协作”的精神，实行“开放、流动、竞争、联合”的机制，在水利水电科学研究院领导与水利部防洪抗旱减灾工程技术研究中心管委会的关心与支持下，在全所同事的共同努力下，取得了丰硕的研究成果和良好的经济效益。防洪减灾研究所先后承担并完成了世界银行和水利部重大科技项目“防洪减灾重大技术问题研究”、国家防办项目“七大江河洪水风险图制作”、科技部“十五”科技攻关项目“海河流域中下游雨洪资源利用关键技术研究”、国家防办重大项目“全国三维电子沙盘系统建设”、国家防办项目“洪水风险图编制导则”和洪水风险图立项前期工作、国家防办重大项目“水库汛限水位设计与运用”的管理工作、国家防办项目“重点缺水地区水量应急调度预案编制”、水利部“水利科技发展战略研究”、亚行技援项目“中国洪水管理战略研究”、科技部重点项目“淮河、荆江洪水预报、预警与调控系统关键技术研究”、水利部科技创新重点项目“城市洪涝灾害分析关键技术研究”等国家级和一批省部级重点科研项目，取得了显著社会和经济效益，积累了丰富的理论和实践经验。 |
